خال‌های اپیدرمال ممکن است منفرد یا متعدد باشند و معمولا در بدو تولد یا در سال‌های اول پس از تولد بروز می‌کنند. اپیدرم از یک نوع سلول خاص به نام کراتینوسیت تشکیل شده است. خال اپیدرمال ناشی از رشد بیش از حد کراتینوسیت‌ها (سلول‌های پوستی شاخی) است. این ناهنجاری ناشی از نقص اکتودرم (لایه بیرونی جنینی) در دوران جنینی است که باعث تشکیل اپیدرم و بافت عصبی و خال‌های اپیدرمال می‌شود. در سندرم خال اپیدرمال، علاوه‎ بر خال اپیدرمال (سطحی) اختلالات داخلی به صورت ضایعات عصبی، چشمی و اسکلتی نیز دیده می‎‌شود. ابعاد این خال‌های اپیدرمال متغیر است.

همه خال‌های اپیدرمال تغییراتی را در سطح نشان می‌دهند که می‌تواند بسیار خشن، زگیلی شکل و یا حالت خاردار باشد و اغلب تیره‌تر از پوست طبیعی یا پوست بدون ضایعه اطراف آن باشد که به آن خال اپیدرمال وروکو (verrucose epidermal neavus) گفته می‌شود، یا قرمز و پوسته‌پوسته باشد که به آن خال اپیدرمال وروکو خطی التهابی یا (ILVEN) گفته می‌شود.